Berdasarkan penuturan orang orang tua Desa Tombolikat, asal muasal Desa Tombolikat mulanya adalah pedukuhan orang-orang yang berasal dari desa Biga dan Pontodon yang melalukan perjalanan mencari tempat berkebun di pinggiran pantai. mereka yang berasal dari Desa Biga mengambil dataran dibagian selatan sedangkan yang berasal dari Desa Pontodon mengambil daratan bagian utara yang sekarang menjadi Desa Kayumoyondi kemudia setelah mendapati tempat dataran yang cukup luas dipinggiran pantai mereka kemudian membuat tempat tinggal dan menetap ditempat ini setelah waktu terus berlalu berangsur-angsur sanak keluarga bertambah akhirnya mereka sepakat membentuk satu pedukuan yang kemudian menjadi cikal bakal desa Tombolikat.

Sebagai satu rumpun keluarga yang cukup banyak pengikutnya maka mereka sepakat mengangkat Bapak Solag Abram sebagai kepala pedukuan karena beliau termasuk orang yang sangat disegani dan dihargai dikalangan masyarakat waktu itu. Namun karena dibawah tekanan penjajahan belanda beliau hanya memerintah selama kurang lebih dua belas tahun (1902 - 1913) hal ini terus terjadi kepada pemimpin desa ini beberapa periode berikutnya.

Desa Tombolikat pernag melakukan pemindahan Kedudukan Desa, mulanya kedudukan Desa Tombolikat berada kurang lebih tiga ratus meter dibelakang kedudukan kampung saat ini. Karena telah terjadi wabah yang menimpah masyarakat dimana cukup banyak masyarakat yang meninggal dalam waktu yang cukup singkat sehingga atas kesepakatan para pemuka masyarakat yang ada pada waktu itu akhirnya kedudukan kampung dipindahkan dibagian timur (Pomukaan). Peristiwa ini terjadi sekitar tahun 1906 - 1908. Tempat itu yang diduduki masyarakat hingga sekarang.

Karena tuntutan makin bertambahnya jumlah penduduk serta pemukiman semakin luas maka mulai terdengar gaung pemekaran desa. Dengan dukungan serta bantuan masyarakat dan pemerintah desa tombolikat maka diusulkan pemekaran desa yang kemudian disetujui oleh Pemerintah Kabupaten Bolaang Mongondow Timur dengan diterbitkannya SK Desa Pemekaran untuk Desa Tombolikat Selatan pada Tahun 2007 dimasa kepemimpinan Sangadi Djawi Mokodompit.